Historia naszej instytucji sięga czasów II Rzeczypospolitej. 1 czerwca 1923 roku, na mocy decyzji marszałka Józefa Piłsudskiego powołano Oficerską Szkołę Artylerii, w której utworzono Muzeum Sprzętu Artylerii. Bogate zbiory tego muzeum i cenne archiwalia nie przetrwały II wojny światowej.

W okresie powojennym Oficerska Szkołą Artylerii posiadała egzemplarze historycznego sprzętu artyleryjskiego, które wykorzystywano w procesie dydaktycznym. Dopiero pod koniec lat 60. XX wieku pojawił się pomysł utworzenia w szkole muzeum artylerii.  Ostatecznie 14 stycznia 1977 r. powstało Muzeum Artylerii w Wyższej Szkole Oficerskiej Wojsk Rakietowych i Artylerii im. Gen. Józefa Bema (WSO) w Toruniu. Celem projektu było wspieranie edukacji historycznej żołnierzy oraz kultywowanie tradycji artyleryjskich. Prace budowlane rozpoczęto wiosną 1978 r. Uroczyste otwarcie muzeum nastąpiło 2 września 1978 roku, w dniu 45 promocji absolwentów uczelni.

Po rozformowaniu WSO muzeum zostało przejęte przez powołane dnia 22 kwietnia 2002 roku Centrum Szkolenia Artylerii i Uzbrojenia w Toruniu. W 2012 roku zbierana przez wiele lat kolekcja sprzętu artyleryjskiego przekazano Muzeum Wojsk Lądowych w Bydgoszczy, w którym utworzono Muzeum Artylerii w Toruniu Oddział Muzeum Wojsk Lądowych w Bydgoszczy. Nowa instytucja, kontynuująca muzealno-artyleryjskie tradycje Torunia, funkcjonuje od września 2013 roku.