Muzeum Diecezjalne w Toruniu mieści się w dawnej kamienicy mieszczańskiej, zbudowanej na początku XVI w., która jest przykładem toruńskiego domu-składu – kamienicy pełniącej jednocześnie funkcje mieszkalne i magazynowe. Do dzisiaj można w niej zobaczyć hypocaustum – średniowieczny system ogrzewania podłogowego, gotycką umywalkę, kręcone schody, strop belkowo-wsuwkowy i iluzjonistyczne polichromie ścienne.

Kolekcja Muzeum Diecezjalnego w Toruniu jest bardzo różnorodna. Na ekspozycji znajdują się liczne zabytki sakralne, które przestały spełniać funkcję użytkową. Dzięki nim można zanurzyć się w historii Torunia i ziemi chełmińskiej. Najstarszym zabytkiem w zbiorach muzeum są ceramiczne detale architektoniczne z ok. 1300 r. Ich pochodzenie nie jest jasne, choć jedna z hipotez pozwala je wiązać z zamkiem krzyżackim w Bierzgłowie. Najmłodszym obiektem jest obraz Jerzego Kossaka Cud nad Wisłą namalowany w 10. rocznicę bitwy warszawskiej.