Zlokalizowany w samym sercu zabytkowej starówki Ratusz Staromiejski w Toruniu, z historycznego punktu widzenia wymieniany w gronie najważniejszych budynków w mieście, jest jedną z największych i najpiękniejszych tego typu budowli w Europie. Zbudowany na planie kwadratu z wewnętrznym dziedzińcem stanowi symbol gotyckiego Zespołu Staromiejskiego, wpisanego w 1997 roku na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO.

Muzeum Twierdzy Toruń mieści się w budynku dawnych Koszar Bramy Chełmińskiej, będących elementem XIX-wiecznego fortecznego systemu obronnego, powstałego dla wzmocnienia wschodniej granicy Prus. Dziś toruńskie fortyfikacje to jeden z najlepiej zachowanych w Europie zespołów budowli obronnych, stanowiący niezwykle cenny zabytek architektury militarnej. W Twierdzy Toruń miłośnicy dawnego budownictwa obronnego mają okazję podziwiać doskonale zachowany zespół obiektów, składający się z fortów, schronów, baterii artyleryjskich i budowli zaplecza.